من جهته قال وزير الشؤون الإسلامية أحمد توفيق أن الهدف الأساسي من المعهد هو "ضمان نشر قيم التسامح والتوازن والاعتدال لأن الدين الإسلامي بحاجة الى الحماية من الذين يزعمون معرفة الدين والمتطرفين والجهلة."